Mandar archivo al FTP cada cierto tiempo

Tendrías que crear una tarea que mande la información (una carpeta) al servidor FTP.
Automatizas la ejecución de esa tarea cada 3 horas y listo.

Dependiendo del SO del servidor dónde tengas la información lo podrás hacer de una manera o de otra. Si nos dieras más información sobre el entorno te podríamos dar una solución más detallada.

@Newton Windows 7, tengo un archivo dentro de ahi que necesito que se mande a un servidor FTP cada 3 horas.

En Windows, tienes el comando ftp para línea de comandos que te permite conectar y enviar archivos. Sólo tendrías que generarte un batch que conectara al ftp y un pequeño archivo de script con el proceso a realizar. Luego te vas al programador de tareas para que lance el batch cada 3 horas.

Por ejemplo:
Un archivo ftpconnect.cmd:

Luego, un archivo ftpscript.txt

Y finalmente añades el archivo ftpconnect.cmd al programador de tareas.
https://technet.microsoft.com/es-es/library/cc721931(v=ws.11).aspx

Mas info:
https://technet.microsoft.com/es-es/library/cc721871(v=ws.11).aspx
https://technet.microsoft.com/es-es/library/bb490910.aspx
http://www.nsftools.com/tips/MSFTP.htm