Mira a ver si alguien te puede dejar un mando de Megadrive original,asi te quitas de encima una posible averia en el puerto de la Consola.
te fallan los dos puertos?,si fallan los dos puertos es raro,por que uno quizas podria tener una soldadura mal,pero los dos...?
de todos modos con Consolas de esta calidad te puedes esperar cualquier cosa,yo intentaria primero probar si son los mandos o es la Consola,luego ya te tocara mirar la PCB y mirar si quizas hay un trabajo de soldadura que te esta dando probemas...
saludos.