Puede ser que la capturadora sea una AverMedia ? Si es asi, el receptor IR que llevan incorporado cuesta mucho de hacer andar. En mi caso tuve que usar en su lugar un receptor conectado a un puerto USB y un mando de otro ordenador que llevaba MCE.
De todas formas en las tiendas de informatica puedes encontrar mandos (con su correspondiente receptor) mas completos y compatibles con Linux. Mirate en la web de Lirc, allí encontraras una buena lista.