Si es un mando oficial de Wii te irá bien en las mini. He leído de casos que mandos no oficiales hechos para la wii que dan problemas con la mini. Aparentemente es el mismo conector pero supongo que habrá diferencias técnicas.
El de Neo Geo no sé si es oficial, desconocía de su existencia. El de Hori y Tetsunoko vs Capcom creo que son bastante difíciles de encontrar nuevos. De segunda mano quizás ya es otra historia.
De todos modos imagino que tendrás la mini hackeada porque aparte del street fighter no creo que tenga muchos juegos que valga la pena usar arcade stick. Esto si acaso mejor pregúntalo en el hilo de hackeo de la snes mini, creo que estaba en consolas alternativas, para ver como va este tema de compatibilidad con la modificación.