Esque es eso, el mando que he utilizado es uno que me sobraba y que tenía tirado por ahi, pero por lo que recuerdo funcionaba perfectamente.
Y el mod en lo único que se diferencia es en la rpocedencia de los 5V y la tierra, que en lugar de cogerlos del propio puerto los obtiene de una toma USB extra (un poco incómodo pero era lo único que tenía a mano).
Aún asi no creo que sea problema del mod en si, ya que como ya he mencionado el mando solamente tiene 5 cables, Vcc, tierra, reloj, latch y datos, de forma que las pulsaciones las enviará en serie por la linea de datos utilizando como control el latch, por lo que si todos los botones funcionan no se porque no deberían de hacerlo el start y el select.
Probaré a hacerme con otros drivers a ver si hay suerte, y si no pues le tocará quedarse asi.
Gracias