Si sólo no funcionan conectados a la consola, es que los conectores están sucios o rotos. Si sabes de alguien que tenga otros Joycon pídeselos 5 minutos y prueba a ver si conectan, y si los tuyos conectan en su consola, para saber seguro si lo que falla es el conector de la parte baja de los raíles de la consola o los de los propios Joycon. También puedes probar a reiniciar la consola, igual se ha quedado enganchado algo del software.
Los Joycon se cargan cuando los conectas al menos?