A mi me pasó algo parecido con el mio; todos los botones y crucetas estaban bien, en su sitio, y al presionarlos o moverlos lo hacían con normalidad pero al encender la consola era como si estuviesen pillados.
Tras unos cuantos días sin usar el mando (pensando que estaba roto) lo probé y..... como por arte de magia funcionaba otra vez bien.
Suena raro pero juro que me pasó tal cual xD