El mando funciona en pc via usb, pruebalo a conciencia en una, o en un switch ,ps3, raspberry pi o cualquier aparato que tambien soporte controles usb.
El puerto de megadrive es un d-sub de 9 pines y su pinout, es a fines practicos en paralelo, sin codificar en serie los botones. Despues de leer lo que comentas, es posible que no haga bien contacto la patilla de la consola con las laminas dentro de los orificios. Puedes usar un alfiler o aguja para tratar de doblar ligeramente las laminas para que no quede holgado, el pin de "abajo" es el pin 2, viendo los orificios del plug, arriba, donde hay 5, el 2do de derecha a izquierda