El emulador tendria que tener soporte para mandos USB, solo hay una version que tenia soporte para DualShock3 via usb, no se si hicieron un merge y esta en la mas actualizada.
Y no destrozes mandos buenos de snes si estos sirven, mejor compra un adaptador. Mas facil, limpio y sin destrozar buen hardware haciendo experimentos guarros.
http://www.mayflash.com/Products/N64SNESSS/W005.html, tengo uno y funciona bastante bien.