Lo mejor por supuesto que es hacer instalación limpia, pero dejando el /home anterior, eso por supuesto.
URPMI desde hace seis meses ha mejorado mucho, pero de la 9.1 a la 9.2 por ejemplo era una catástrofe. Y es normal que de errores, ha cambiado absolutamente todo, es como actualizar desde win98 a winXP.
Aparte, URPMI no toca las cosas más básicas, como el kernel (y muchas veces a sí mismo), a no ser que se le diga explícitamente.
Pensad que es muchísimo software, con millones de configuraciones distintas, y es muy posible que algo que funcionaba perfectamente en una versión, en la siguiente falle por un pequeño cambio en el kernel. Por eso mismo Debian Woody no actualiza sus paquetes hasta que estén probadísimos en mil configuraciones diferentes.
Y eso mismo pasa con Win, cuantos admin de sistemas han instalado un parche, y les ha dejado de funcionar algun programa. O mismamente el parche que hicieron para corregir el bug de la url. Quitaron que uno se pudiese identificar con el IE a través de la URL, ya la hemos cagao
Resumiendo, una actualización completa no hay que hacerla a la ligera, ni con urpmi, ni con apt-get.