Para empezar, si no te acuerdas muy bien de Java, te combiene refrescar antes de nada. No solo refrescar, también aprender conceptos nuevos como las anotaciones, que en J2EE5 se utilizan a cascoporro.
Además, para Hibernate, la curba de aprendizaje es enorme, ya que tienes que aprender HQL, que es su propio lenguaje de consultas mediante objetos.
Si quieres empezar con un motor de persistencia potente, facil y con consultas SQL te toda la vida, prueba iBatis de Apache. Si quieres documentación, tienes iBatis in Action, de Manning. Personalmente creo que este eBook ya está anticuado.
Mejor te descargas Spring y te miras los ejemplos de JPetStore con Hibernate y con iBatis y decides cual te convence más.