Buenas, llevo tiempo leyendoos, hasta ahora siempre había alguien que contestaba +- lo que yo diría y ni me creé cuenta... pero aquí hay una recomendación que todavía no he visto hacer.
A quien quiera manejar la Deck como PC escritorio, sin renunciar a SteamOS, ni pasarse a Windows, le recomiendo probar a meter HoloISO.
Tiene el mismo interfaz que SteamOS, mismos modos juego y escritorio, pero sin el sistema en read-only. Un Linux Arch con todas sus libertades y guías (y triquiñuelas).
Dejas libre un espacio al final del disco, con el gestor de particiones y puedes instalarlo sin borrar el de stock.
Además, al estar basado en el sistema de Steam, puedes compartir el /home y los juegos y configs de Steam se comparten.
El instalador es un poco ortopédico y les cuesta actualizar porque quieren que sea compatible con cualquier PC y handheld (tienen que andar parcheando lo que hace Valve específico de Deck), así que no vale para todo el mundo.
Yo creo que con eso, saliéndote del entorno flatpak podrás instalar bien VirtualBox. Aunque tampoco sabemos qué errores te da.
(no sé como funcionará con cosas como Decky, EmuDeck y demás cosas específicas)
PD: Mucho más potente libvirtd+kvm+virt-manager pero bueno, si necesitas VB pues no hay que buscar tres pies al gato.