A mi en la old 3ds si que se me quedaba marcado el stick, y no hubo manera nunca de quitar la marca, así que ahora, en la new 3ds siempre uso un pañito para cerrar la consola y que no se marque (aunque no evita que se marque un poco, pero nada permanente ni grave)
A ver si alguien más comparte un método para poder evitar esto.