Que no esté aceptada por la Real Academia Española no quiere decir que no exista, ni que sea incorrecta.
El diccionario de la RAE carece de muchísimos términos técnicos de áreas específicas de conocimiento, así como neologismos.
Por ejemplo, de medicina le faltan unas 3000 palabras, que son perfectamente correctas (de hecho en los diccionarios médicos sí aparecen), pero por ser tecnicismos muy concretos, pues no las incluyen.
Por citar un par de ejemplos que no aparecen en el diccionario de la RAE:
- Bagazosis (enfermedad pulmonar de los cosechadores de caña de azúcar)
- Bisiniosis (enfermedad pulmonar de los cosechadores de algodón)
Sí es cierto que encriptar deriva de la palabra cripta, y también es cierto que la palabra cifrar tiene un significado prácticamente superponible. No obstante, encriptar, como neologismo que es, aún no está en el diccionario oficial, pero lo estará, seguro.