El Mario RPG te va a ir así, el emulador no lo soporta de forma óptima de momento. Para evitar los tirones propios del frameskip auto, lo que puedes hacer es jugarlo con frameskip 3. Lo jugarás más lento, pero te evitarás esos molestos saltos.
Habrá que esperar a una nueva versión del emulador para que éste y otros juegos vayan mejor.