En realidad es el controlador de video el que determina si se activa o no el SLI [nvidia] o el CFX [amd], obviamente previamente tienen que estar reconocidas por la tarjeta madre. En el controlador esta incluido el codigo que detecta si el chipset esta dentro de los permitidos para el SLI/CFX, poco tien que ver con cuestiones tecnicas, es mas cuestion de que el fabricante []del chipset este pagando la licencia de uso para el SLI/CFX.
No creo que teniendo de manera independiente cada tarjeta [es decir sin activar el SLI o CFX] y conectando un monitor a cada una te de un escritorio extendido, ya que cada tarjeta esta de manera indepndiente de la otra.
Si quieres extendido pues usa una sola tarjeta de video, pero si para lo que requieres de trabajo no se da abasto la actual tarjeta de video, pues seria mejor compraras una mas potente en lugar de tratar de usar un MultiGPU.
Ahora, debes ver el modelo de la tarjeta madre y chipset para saber si puede usar SLI y CFX o solo puede usar SLI o solo puede usar CFX, tambien debes ver que fuente de poder tienes, porque si es generica y de poca potencia tu configuracion multiGPU no funcionara [no arancaria ninguna por falta de energia], y desde luego ver si tienes espacio en el gabinete para ambas tarjetas de video.
En cambio, con una sola tarjeta de video, requieres menos energia y de espacio no te preocupas.