No es que sea mejor o peor meter los juegos en una carpeta u otra, simplemente es porque de esta manera los tienes todos bien organizados. yo lo tengo de la siguiente manera
hdd1:\Games ==> Carpeta contenedora de todos los juegos XBOX360 direccionados a la pestaña Xbox360
hdd1:\Aplications ==> Carpeta contenedora de todos las aplicaciones FreeStyle, DashLaunch, Xexmenu....... direccionada a la pestaña Homebrew
hdd1:\Xlba ==> Carpeta contenedora de todos los juegos árcades direccionada a la pestaña de Arcades
hdd1:\Emulator ==> Carpeta contenedora de todos los emuladores direccionada a la pestaña Emuladores
hdd1:\Xbox ==> Carpeta contenedora de todos los juegos de la Xbox(Versión anterior) direccionada a la pestaña Xbox
Teniendolo como tu lo tienes, si metes la ruta de content con el scan a 3, como juegos Xbox360, todos los ejecutables que tengas los direcionara a la pestaña de Xbox360 si así la configuras. Lo cual quiere decir, que si tienes por ejemplo 5 arcades y 5 juegos Xbox360 y 5 Xbox, en la pestaña de Xbox 360 te aparecerán 15 juegos, en ved de estar todos en sus pestañas correspondientes. y teniendo que ir en el menú uno a uno para moverlo a la sección correspondiente. En caso de que quieras modificar por lo que sea uno, actualmente tienes que andar mirando haber cual es la ID del juego para poder encontrar la carpeta que corresponde a ese juego. De esta manera, como el nombre de la carpeta es el nombre del juego y esta en tal carpeta(Games, Juegos, XXXXX) pues ya lo tienes mas rápido y sencillo para encontrarla. De todas formas son gustos, y formas de trabajar, esta claro que de las dos manera van a ser encontrados por el FreeStyle, pero también es cierto que de mi manera, dejan de verse en el Dash de microsoft, aunque una ved te acostumbres al FSD, veras que no es necesario el Dash original.
Para sacar los juegos, si dispones del DVD tan solo metes el DVD y en el menú del FreeStyle tienes una opción para dumpear el Juego directamente a una carpeta. Si solo tienes la ISO, porque el DVD original lo has dañado, puedes usar el XBOX360 ISO Extract, o alguno similar, y directamente al pen sin ningún programa mas ni nada.
En relación a lo de pasar los juegos del PC a la XBOX, tienes tres opciones, la primera sin Red en la Xbox, seria usando un pendrive formateado en Fat32, metes los archivos, lo conectas a la xbox, y con el gestor de archivos del FreeStyle los mueves a la carpeta que quieras. Otra opción, con Red en la XBox, es usando el servidor FTP que tiene el FreeStyle(IP de la Xbox Puerto 21 User:xbox/password:xbox), y usando en el Pc el FileZilla(Cliente Ftp) le pasas los archivos directamente a la carpeta que quieras. Y la ultima opción, también con Red en la Xbox, es activando el Samba del FreeStyle 3, para activarlo vamos a Setting, General Settings, y activas la ultima opción y la pones como en la imagen.
Ahora reinicias la xbox y una vez se allá reiniciado el FreeStyle, ya tendrás el Samba activado. A partir de ahora, siempre que estés en el FreeStyle, desde el Pc poniendo en una dirección de carpeta \\XBOX360\ podrás acceder a la Xbox, como si se tratase de una carpeta mas del equipo. Viendo el HDD1 y los discos Usb o pendrive que estén conectados.
Cuando me refiero a Red, es simplemente que tengas el PC y la Xbox o bien directamente conectados entre si con cable, o por medio de un router o Switch. Ya que para esto no es necesario que se tenga Internet