Si lo haces pq te gusta mas kedate con gnome, pero la solucion es muy facil.
Como bien te han dicho antes eso es pq tienes un panel superior que has agregado sin querer.
Para comprobarlo ponte encima de ese panel o del inferior (principal) y haz click en el boton derecho --> En eliminar panel elimina el que te salga que seguro que es el que te sale.
Si en vez de eliminarlo quieres modificarlo cuando haces click en el derecho dale a configurar panel. Ahi sale una ventana en la que configurar el panel inferior: y para modificar el resto de paneles es en esa misma ventana cambiando en la pestaña de panel principal por panel o por lo que quiera que hayas puesto.
Hasta luego