Hola,
cuando se ejecuta una acción de formateo siempre se borra toda la información,
así que tendrás la tarjeta vacía y bien (perdiendolo todo claro).
A menos que la tarjeta haya recibido algún golpe y esté físicamente mal,
luego irá todo bien como siempre.
La opción de format del uLE la verdad es que no la he probado, hasta ahora
cuando he tenido que formatear la tarjeta alguna vez, lo he hecho con el
Action Replay, aunque imagino que irá bien igual.
De hecho, no hace falta que formatees la tarjeta si lo único que quieres es
eliminar esa partida corrupta, explora la tarjeta con el uLE, borras esa partida,
y ya está.
Saludos.