Buenas, si el programador es como el de SNES que tiene un interruptor para encender y apagar, prueba lo que hice yo que tube el mismo problema. Inserta el cartucho sin el programador encendido, arranca el programa, y acto seguido enciende el interruptor para encender el programador. Asi me reconocio el cartucho.
Tambien tienes que tener en cuenta por que IRQ sale el puerto, eso lo pones en el setup del programa en cuestio y logicamente el la bios.
Suerte, ya contaras.