Y si somos ingeniosos podriamos instalar una unidad lectora virtual como las de Nero DriveImage o Daemon Tools o las de CloneCD o de Alcohol 120%, montar la imagen -abrir el archivo- en la unidad virtual para que Windows asuma que es un disco real y podemos usar nuestro programa favorito para crear una nueva imagen ISO u otro formato y agregar o quitar lo que nos venga en gana haciendp una compilacion nueva.
Alternativamente PowerISO y UltraISO me parecen pueden agregar archivos a una imagen.