Es raro que los ultimos drivers de tu ati no solucionen ese 'fallo'.
Para la 9700, eso ya no pasa.
Bueno, el procedimiento es el siguiente.
Sobre todo, instalate los ultimos drivers de la pagina (aunmentan bastante el rendimiento).
Primero como root, comprueba que no tienes nada de ati cargado como modulo, o sea:
lsmod
Si hay algo, como explico antes, quitalo
rmmod radeon
Si no hay nada, pasa a este paso:
insmod agpgart
Comprueba que se cargo:
lsmod (tiene que aparecer agpgart)
Ahora, como antes:
rpm -i --force --nodeps driver.rpm
Antes del fglrxconfig, vete a /lib/modules/fglrx/:
cd /lib/modules/fglrx
Y ejecuta make.sh:
./make.sh
Ahora vete a la carpeta anterior:
cd /lib/modules
Y ejecuta:
./make_install.sh
Ahora si, ejecuta el fglrxconfig, y vete configurando al gusto.
Finalmente startx.
Saludos.