¿Has probado con usuario distinto? Puede ser que sea cosa de la configuracion, ya que, como dices, no da ningun error...
Ten en cuenta que hardy heron aun esta bastante verde, no uso ubuntu pero es sabido.
Si, tal y como dices, quieres sustituir nautilus por pcmanfm, prueba a, desde la configuracion de sesiones, añadir un alias despues de que se ejecute nautilus como escritorio (que por lo visto esto no lo quieres quitar, ya que segun tu "peta gnome") que convierta nautilus en pcmanfm, asi:
alias nautilus=/usr/bin/pcmanfm
No lo he probado, pero debería funcionar.
Si el problema son las actualizaciones, probablemente ya este documentado el bug y esten en proceso de repararlo, aunque como ya he dicho, no uso ubuntu, asi que no puedo deciros exactamente.
Como última opcion puedes instalar con apt-get todos los paquetes relaccionados con gnome de otra rama (busca en google apt-pinning)
![[uzi]](/images/smilies/nuevos2/uzi.gif "uzi")
, en mala hora, supongo que seria debido a alguna de ellas, porque a partir de ahi empezo a comportarse un tanto rarito, petando como me pasaba en la 7.10 de gutsy, cansado ni pregunté nada por ahi, formatee con la copia que me hice con el remastersys instale quedando tal cual estaba, y una vez instalado desactive las actualizaciones dejando solo las criticas, y las recomendadas las desactive, como de ingles la verdad ando mal mal, pues prefiero no instalar nada que no sea totalmente necesario, y como funciona muy bien asi, asi la dejo 
de momento va como antes de actualizar, muy muy bien 