Si cuando lo has conectado al pc te apareció que el hdd tenía un formato no compatible y le has dado a formatear y/o solucionar errores (o algo así) entonces, lo habrás "borrado" (para decirlo de forma clara)
Si fuese el caso anterior, tendrías que instalar todo de nuevo en la ps3.
Por otra parte, si no te salió ningún mensaje, o le diste a cancelar, entonces no habrá pasado nada. Cuando lo conectes a la consola continuará todo igual.
La ps3 reserva un espacio de hdd (creo que un 10% del tamaño del hdd) para cuando instala el sistema (cuando conectas un pendrive con el firmware a instalar, la consola lo revisa y copia en ese espacio reservado)
Se que hay un programa para modificar ese % de espacio reservado aunque no recuerdo el nombre ni tampoco lo he utilizado.
Ej: hdd 60Gb --> 6Gb reservados
hdd 500Gb --> 50Gb reservados
hdd 1Tb --> 100Gb reservados...
Saludos y espero que no borrases nada jeje
Edit: Encontré el programa. PS3 Unlock HDD Space v1.0 by 3141card
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