Altavoces y microfono iran conectados a la tarjeta de sonido, si mal no recuerdo el conector del altavoz en la tarjeta es el verde y el de microfono el rosa.
Si con USB te refieres a ke la caja nueva tiene puertos USB en el frontal, tienes que mirar donde lleva tu placa los pines para conectarlos y como tienes que conectarlos. Para cada puerto USB tendras +5, masa, DATA+ y DATA -. Coges cada cable al pin que te diga el manual y listo.
Para las luces y los pulsadores lo mismo, tienes que mirar el manual y mirar en que pines del extremo inferior derecho de la placa va conectado cada cosa. Los pulsadores puedes conectarlos en cualkier sentido, los LEDS tienes que gastar cuidado con que el cable NEGRO de los dos que haya en el conector coincida con el pin marcado como - (MENOS) en el manual de la placa.