Como dijo el compañero arriba, los juegos van en la carpeta ISO (con mayúsculas) en la raíz de tu memory stick.
De todas formas no sé otros, pero yo no me fío del autoinstalador no se qué.. yo prefiero la manera de instalar el CFW primero, instalando el FW oficial Sony directo desde la página (6.60 actual), y ahí meterle el FIX 6.60 que está en PSP SceneBeta.
Abrazo!