Depende de tus gustos en videojuegos y de la función a la que quieras destinar la consola. También depende de tu presupuesto, aunque si tienes para ambas, esto queda relegado a un plano secundario.
Actualmente X360 tiene mejor catálogo, pero ya empiezan a salir algunos de los pesos pesados de PS3 (como el Uncharted), y en el horizonte quedan cosas como MGS4 o FFXIII.
Por otro lado, los multis salvo pocas excepciones suelen o bien ir igual de bien en ambas consolas, o van mejor en X360 (aunque la diferencia suele ser poca).
Por otro lado, si eres un amante del cine y tienes una TV HD, PS3 lleva incluído un reproductor de alta definición (BluRay), que en la XBox te cobran aparte (HD-DVD).
Otro factor que dependiendo de cada uno puede ser importante es el de la retrocompatibilidad. En XBox 360 sólo van un buen puñado de títulos, y en PS3 tienes 2 versiones de consola: la de 60GB (que ya casi no se encuentra) que es compatible con la mayoría de juegos de PS2 (pero ojo, no con todos, y muchos con algunos problemas) y la de 40 GB, que no tiene compatibilidad alguna con PS2.
Después de todo este rollo decirte que al menos para mí lo más importante son los juegos. Infórmate de los juegos que hay y que saldrán para cada una o dinos tus gustos y así podremos ayudarte a decidir.