En gbatemp hay un tema de un usuario con un problema similar al tuyo pero en el caso de ese usuario a el se le restan los pasos, al parecer es un bug de la actualización, algunos tienen el bug de carga que la luz no se apaga y otros tienen problemas con el podómetro.
Lo que dicen ahí es que los pasos se restan pero las monedas siempre quedan supongo que otros usuarios tendrán tu problema que en lugar de restar los pasos se restan las monedas, la solución temporal seria que cuando alcances las 10 monedas apagues el 3DS para evitar dejarlo en modo espera y que al caminar se te resten tus monedas.
Yo en particular eh notado que ahora puedo caminar mas distancia que antes y tengo menos pasos, llegue a pensar que era que no marcaba los pasos pero ahora que lee eso a lo mejor se me están restando la cantidad de pasos... vaya problema con esto de los bugs, creo que pronto habrá una actualización ojala y se resuelvan esas cositas que si bien no son graves no deberían de suceder.