Si tienes los ligamentos rotos, la rodilla se te va pa to los laos, por ejemplo, se te va hacia un lado, cosa que no debería de tener los ligamentos bien. Es decir, la rodilla esta hecha para flexionarse en una dirección, como si fuera una bisagra. Si se te va hacia los lados, tienes el cruzado roto fijo, pero para eso tienes que haberte hecho un daño del horror, asi que te habrías dado cuenta.
Lo que explicas, a veces puede ser por cosa del crecimiento. A mi con 16 años me pasaba que una rodilla me dolía si la flexionaba a tope, y en unos meses se me pasó solo. El medico me dijo que sería de crecimiento.
En cualquier caso, no creo que sea un problema serio, pero por si acaso, cuando vayas a hacer deporte, calienta bien las rodillas para evitar sustos.