Yo tuve un problema de falta de espacio en Windows ME muy parecido al tuyo al rippear unos DVD's. Me volví loco buscando archivos ocultos, restos no vaciados de la papelera, revisando las particiones, la integridad del disco duro, ... La cosa es que después de defragmentar el HDD con Norton todo volvió a su sitio y ya nadie se volvió a quejar. A lo mejor puede parecer una tontería, pero por probar no pierdes nada.
Enga, un saludo y suerte.