Quizá también es por la manera en que se hizo la instalación.
A mi no me ha pasado de que se haya borrado Grub por una actualización. (por el momento he pasado por las 3 gordas)
En mi caso yo instalé Windows 10, sin ningún otro disco duro conectado, pero el disco de Windows este es el segundo de los Sata. Después instalé Linux ya con el resto de discos duros conectados, así me queda el sector de arranque de Windows en su disco duro de Windows, y el de Linux en el de Linux, y Grub al añadirse automáticamente Windows al menú es el que baila los discos creyendo Windows que es el primer disco. (que imagino que es lo que me ha salvado de la jugada en esas actualizaciones)
Lo único es que si reinstalo Windows si debo de quitar el resto de discos para que no haga la gracieta el señor de los monopolios.
Si tienes Windows y Linux en el mismo disco duro... tendrás Grub mandado a tomar por culo cada vez que le venga en gana a Windows.