Me disculpo si mi respuesta llega tarde, pero te doy una solución para restaurar los paneles como quedan acabados de instalar ubuntu:
1- Abre consola (no root), si no tienes ícono para eso, ALT+F2 para lanzar aplicaciones y escribes: gnome-terminal
2- Luego, en la consola, ejecutas los siguientes tres comandos, uno tras otro:
gconftool-2 --shutdown
rm -rf ~/.gconf/apps/panel
pkill gnome-panel
3- Listo, tus paneles se ponen como si acabaras de instalar Ubuntu.
Saludos