A mi me paso algo muy parecido, solo que con un 386 ( menos tragico desde luego ) lo que me paso exactamente es que me deje el conector MOLEX del disco duro un poco desencajado, la cague a base de bien.
Nada más encenderlo empezó a salir algunas chispas ( a escucharse al menos ) y a oler a quemado, al desconectarlo lógicamente paró, el disco duro olía a escarabajo quemado y obviamente me lo cargué a base de bien, simplemente lo quemé entero ( no se exactamente lo que paso ) pero tuve que comprar otros.
Así que a explicación puede ser esa, que no hayas conectado bien los discos duros a la alimentación y se hayan quemado.
Saludos