A mi ma pasao alguna vez con la particion home que la tengo en ext2 y es bastante "corrompible". El tema es que como contiene los archivos de config de usuario (las X incluidas), y si estan chungos pos no tarranca. A mi se me arreglo con un fsck.ext2 (o fsck.ext3 o fsck.reiserfs, etc).
Recuerda antes de desmontar la particion, porque si no no podra arreglarlo.
Saludos