Cuando se cortan materiales con bajo punto de fusion, lo que se hace es cortar a muy baja velocidad o ir refrigerando el corte al mismo tiempo que cortas, hay liquidos especiales para eso... Pero yo te recomiendo que cortes a baja velocidad y muy despacio y pares cada poco...
Yo cuando he cortado el metacrilato de mi caja lo he hecho con una sierra de calar con hoja para metal a la velocidad minima, y parando a que se enfrie el tema cada 10cm de corte...
La otra opcion, que tambien la he usado mucho, es con una rotaflez con oja fina hacer una muesca en el metracrilato y luego partirlo por la muesca, aunque si no tienes cuidado se te raja todo.
Para los orificios de 12cm, lo mas facil es que compres como ya te han dicho una broca de corona de 12cm de diametro, tienes que comprarlas para taladrar madera o metal, y siempre con el taladro en modo NO-PERCUSION y a la velocidad minima...
Tambien puedes cortar con un instrumento de corte de vidrio y un comapas haciendo una muesca y luego partiendolo, pero como en el caso anterior, si no sabes ahcerlo lo mejor es la broca de corona.
Para los anclajes de los lectores y los discos duros te recomiendo que hagas un prisma del con el ancho interior de los HDDs y lectores y con el alto interior de tu caja...Y la ancles dentro del propio cubo, Y si vas crear tambien la sujecion para la placa base por tu cuenta, cuidado con la altura... No la ancles directamente a una cara sin separacion alguna, por que si te fijas las graficas y demas tienen un saliente metalico que sobrepasa a la placa por debajo, por lo que la placa tiene que estar separada de la pared donde este anclada... Bueno... Por lo demas... No creo que tengas mayores problemas xD.
PD: Yo estoy haciendome una caja de cero ahora mismo. En aluminio para la estructura y madera para el resto, con una ventana de metacrilato... xDDD
Llevo cosa de 3 semanas liado con ella, asi que si necesitas cualquier consejo o algo mandame un PM, que yo he encontrado mil trucos y chapuzas para que quedase todo bien...
Saludos.
EDITO: Mientras escribia editabas tu xD, ¿a que cubos te refieres? para juntar las tapas te recomiendo que la superior, frontal, trasera las juntes usando silicona transparente de las que se usan para hacer acuarios, y un dato importante es que todo quede muy escuadrado (necesitaras una escuadra obiamente para hacerlo) y asegurate de que la estructura es muy solida... Luego para mantener fijas las partes laterales, en tiendas de informatica como coolmod o alternate venden unos tornillo de cabeza redonda que se atornillan y desatornillan con la mano... Y si aun asi necesitas mas rigidez, solo se me ocurre que compres angulos escuadrados (como loos que se usan para sostener estanterias a la pared) o si no te disgusta, venden vigas de aluminio en angulo recto que puedes usarlas pegandolas en cada arista del cubo haciendo el cubo totalmente indeformable, y de paso eliminando las juntas de cada plancha de metacrilato dando un aspecto mucho mas fino... Pero supongo que lo que tu quieres es que sea todo 100% metacrilato... Asi que por eso te recomendabala la silicona de acuario, por que es transparente y con un poder de aderencia enorme, mucho mas que la mayoria de siliconas y adesivos.
Saludos