Si en la tienda te han dicho eso es que no tienen realmente mucha idea que digamos... en fin.
Es muy recomendable hacer particiones en la mayoria de los casos, bien ya sea para tener ordenados de manera especifica los datos y que no se peguen en tre si , ya sea porque deseas utilizar diferentes tipos de sistemas de archivos (fat32, fat16) por razones de aprovechamiento de espacio. Supongo que si te has comprado un disco duro de 40gb sera porque lo vas a utilizar bastante,, entonces te recomendaria que hicieses particiones separando los juegos de los programas , por ejemplo. Eso lo tienes que decidir tu dependiendo del uso que le vayas a dar al ordenador.
Salu2.