Bienvenido! Intentare responderte lo mejor que pueda a tus preguntas
No hay practicamente diferencias entre CF y SD (al menos percibibles facilmente para un ser humano)
Puedes comprartelo con seguridad en alechip punto com y hardcoregamer punto com, te recomiendo esta primera. Alli compre mi M3 CF y el trato y la rapidez fueron impecables.
Yo tengo XP y todas mis particiones son NTFS, no tendras problema alguno
Lo del tema de multimedia tienes que tener en cuenta varias cosas: las fotos, videos, musica, texto... todo esto se tiene que convertir al formato .nds (M3 cuenta con un programa que lo hace muy facilmente), los backups de gba van directos y los de Nds se tienen que parchear con el otro programa que lleva M3, pero es facil, igual que lo es con supercard. M3 se actualiza cada poco tiempo en su pagina web y merece la pena visitarla de tanto en tanto, este mes han sido 4-5 actualizaciones
Otra cosa, los de GBA como dije no necesitan parcheo, pero vale la pena hacerselo porque asi tienes autosalvado para ellos, sino has de guardar manualmente. Las partidas guardas no se borran nunca con autosalvado, es totalmente seguro el soft del M3. En el tema de compatibilidad va muy a la par con supercard, alrededor del 90%, pero con cada actualizacion el M3 va subiendo, creo que actualmente solo hay 2 juegos que no podras ejecutar de 145, el resto si.
"es posible que tenga problemas con los backups?? como relentizacion o que se cuelgen?"
En los juegos que van no tendras esos problemas.