Wenas!!!
Te explico mi caso...
Yo habia instalado juegos directamente desde mi PS2 con el HDLoader original. Cuando me enteré de que al hacerlos asi, forzabamos la lente mas de la cuenta, decidi hacerlos desde el pc. Para lo cual utilicé "PS2 HD Handiness 0.75".
Hasta aqui sin problemas, todos los juegos funcionaban bien, etc.
Pero lo jodido vino, cuando intente instalar un juego con WinHIIP (versiones anteriores al que hay ahora) el cual me decia los mismo que a ti, que habia sectores corruptos y que si queria repararlos. Como le di a "SI" pues la tabla de particiones la cambio/borro con lo que los juegos no salian en la PS2.
Lo que hice fue salvar los juegos en mi PC y formatear el disco de nuevo. Ahora solo uso "PS2 HD Handiness 0.75" para pasar los juegos.
Hasta que me haga falta usar el WinHIIP para algunos juegos especificos no pienso hacer pruebas, sino que formateare y empezare de 0.
Respondiendo a tus preguntas, te dire que evites en todo lo posible el uso de la lente de PS2 para pasar los juegos al hdd, dado que al instalar los juegos desde la propia PS2 se genera un calor bastante intenso en el disco duro y la lente trabaja a marchas forzadas durante unos 30 minutos. La combinacion de estos dos factores y la pesima calidad de los materiales con la que esta fabricada la consola puede acarrear consecuencias graves para nuestra PS2.
Y referente a usar programas para instalar juegos en el hdd, pues te aconsejo que uses SÓLO uno, el que mas te guste, pero no cambies de programa.
Salu2