No es Software Libre, pero para hacer esos efectos necesitarás un programa como Adobe After Effects o similar (no conozco ningún otro).
El problema es que los vídeos han de ser sin compresión y eso necesita máquina, pero efectos puedes hacer lo que te dé la gana. Permite importación de otros programas de la familia Adobe como Photoshop, y eso te permite hacer auténticas virguerías.
Para linux no conozco nada la verdad, y es una pena porque sería un bombazo.
