Nadie tiene porque hacer nada con la consola, es algo que no tiene nada que ver. Para hacer las cosas bien, si no te parece intuitivo, por la mal-enseñanza de windows, hay 2000000 guias...
Yo solo te advierto de que estar logeado como root en el entorno grafico en si, implica ser root SIEMPRE, y eso es muy peligroso, pero MUCHO.
Haz lo que quieras con tu sistema, pero al menos no vayas "recomendando" que te imiten "porque asi es mas como windows"
Aprender a hacer las cosas bien cuesta muy poco, y trae buenos frutos.