Media Streamer Transcode on Fly

Hola buenas tengo un servidor casero con linux con un servidor glassfish en el qual me permite ver videos
Transcodificados al vuelo desde el navegador en FLV, los problemas que tengo son los siguientes:
-No puedo moverme por la pelicula ya que al estar codificando al vuelo aun no se ha codificado alguna de las partes que quieres acceder, aunque podria arreglarlo si hubiera alguna forma de insertar los metadatos de FLV al vuelo, alguna idea?

-Cuando el video tiene mas de una pista de audio no se como hacer para que me seleccione la que quiero(español,ingles,...)

-algunos ficheros de video llevan un srt con el mismo nombre, hay alguna forma de enchufarlo al video cuando transcodifica?

estoy usando ahora mismo la API de subsonic para transcodificar, pero estoy dispuesto a usar otro sistema ya que con esta api no podria hacer ningun de estos cambios, estoy mirando xuggler pero no veo nada claro respecto al tema.

Si sabeis de algo que pueda ayudarme me hariais un favor gracias XD
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