Yo uso el Megamanager y antes de descargar, normalmente, siempre compruebo si los enlaces son válidos. Si te faltan archivos es porque los que te faltan hayan sido borrados, que han caducado o que estén temporalmente no disponibles. Con el Megamanager puedes comprobar si los enlaces están operativos (los de MU, se entiende). Tienes una pestaña de "comprobar url". Pegas los enlaces y compruebas si alguno está roto.
Que se te cuele algún archivo corrupto es relativamente normal, no muy frecuente, pero a veces pasa. Con descargártelo de nuevo se soluciona la cosa.