Lo que tu prefieras. Cada método tiene sus pros y contras. De cada usuario depende elegir uno u otro...
¿Te resulta imprescindible que al encender la consola ya esté modificada o no te importa perder 10 segundos en ejecutar HEN cuando lo necesites? ¿Tienes juegos originales y quieres tener la consola sin modificar en algunos momentos o siempre la querrás modificada?
Para mi HFW (o método similar en cualquier otro sistema) es más flexible y aporta posibilidades de los dos mundos a cambio de muy pocas "incomodidades" frente a una modificación permanente. Pero para otros es al contrario...