Pues ya está dicho lo que yo también opino. Y es que depende, se pueden dar varios casos.
Generalmente si la obra original es el manga las adaptaciones animadas son peor; ya sea por diversos motivos como mala animación, relleno, que se inventen gran parte de la historia(yendo a peor), que sólo sea un fragmento de su respectivo manga... Vease Naruto, Bleach, One Piece(que aunque no esté mal el anime el manga es mejor), y un montón de ejemplos más, casi cualquier shonen de turno de la Shounen Jump por decir algo.
Luego tenemos los casos de anime que no es adaptación de nada, que suele ser mejor que los mangas que le sacan después, vease Samurai Champloo por nombrar alguno.
Luego tenemos casos de anime o manga inspirado en novelas, que aquí la cosa suele variar bastante.
Y como ya también se ha dicho, hay casos como Monster, en el que el manga y anime van parejos y son de igual calidad en general.
En fin, no he conseguido sintetizar bien lo que pienso, pero espero que quede más o menos claro lo que quiero transmitir, en esencia que es muy relativo todo... xD.