Debería tardar lo mismo... Reiniciar es apagar y volver a encender, por lo que se cierran todos los programas, y luego se vuelven a abrir. Debería ser más cómodo, al no tener que pulsar el botón.
Entiendo que apagas el PC desde Windows (Inicio-> apagar) y no a lo bestia con el botón, ¿verdad? Aunque los Windows se apagan bien con una pulsación corta, querría eliminar el que estés apagando dejando el botón pulsado hasta que se apaga...
Otra cosa es que te hayan coincidido actualizaciones al reiniciar, y no cuando has apagado... en teoría, haciendo el proceso normal, deberían tardar lo mismo.
Un saludo.