Por calidad de sonido, seguramente poca diferencia vas a notar, ya que si el archivo esta comprimido (mp3, por ejemplo), se usara para descodificarlo una libreria compartida, de manera que en todos va a sonar igual, tambien puede pasar que el reproductor tenga sus propias libreria, pero el 99% de las veces va a ser la misma, en el caso del mp3, lame o la de referencia (Fraunhofer).
A no ser que un reproductor en concreto lleve algun codec modificado, en ese caso tampoco habra mucha diferencia ya que la mayor parte de la calidad se ha perdido en la codificacion.
Si la musica es descomprimida, creo que se 'envia' directamente a la tarjeta de sonido