Yo lo que hago es que como tengo juegos de DS, guardo los juegos de GBA en las cajas de los de DS, y asi tengo las cajas de GBA como si fuesen totalemtne nuevas, sin ningun rasguño, raja o arruga.
Otra forma como bien te dicen es plegarlas, o en su caso guardarlas en una caja grande donde puedas poner varias cajas de GBA, recomendable una rígida de Plástico.