Yo considero "mejor" version a aquella que aprovechando el hardware en el que corria, obtenia los mejores resultados... De esta forma no es tan injusto comparar un juego de 16bits con uno de 8bits...
La version de MD es bastante pobre... De hecho casi ni parece un juego de 16bits, al no mejorar practicamente nada al original (un poco los graficos y la intro, pero nada sustancial, que demuestre el poderio de la consola)
La version de Snes es casi un juego diferente, tampoco aprovecha mucho la capacidad de la consola, pero considero que es bastante mejor juego que el de MD...
El port de Nes, es el mas fiel al juego original, aprovecha muy bien las capacidades de la consola y se juega relativamente bien, aunque casi es monocromatico por culpa de la limitadisima paleta de la consola.
La version de MS, tambien es muy fiel al original, aprovechando fantasticamente el hardware en el que corre e incluso mejorando el apartado grafico, brindandole a los entornos un detallado y colorido brutal. Eso si, sacrifica el scroll que aparecia a veces en la version original y que tambien fue rescatado en el juego de NES.
De todas formas fue muy meritorio ver una version graficamente superior al original en una consola de 8bits.
Desde mi punto de vista la mejor version que he jugado en consola es la de MS....