Yo tras muchos años diciendo que Wii era la mejor, y lo sigue siendo si se quiere jugar en CRT sacando 240p. Ahora mismo creo que la mejor y más completa es WiiU que tiene toda la scene de Wii y en algunos casos como en el emulador de N64 permite aprovechar la potencia extra de la consola. A mayores el retroarch va mejor que en Wii, se puede inyectar roms de NDS en la consola virtual oficial y ya hace unos dos años que se porteo el PPSSPP.
Para emular consolas portátiles se puede jugar en el gamepad que cumple bastante bien, incluso para juegos de PSX y N64 se ven muy bien en la pantalla pequeña del Gamepad. En resumen: NES, MS, PCE, Snes, MD, NeoGeo, Mame, PSX, N64, GC, Wii, WiiU, PSP, NDS, GBA, GBC, GB, GG y ya no recuerdo si Lynx y NeoGeo Pocket también. De Saturn se porteó el Yabause y permite hacer overclock en el modo vWii; pero la compatibilidad sigue siendo muy pobre.
En consolas portátiles para emular, la mejor es PS Vita, excepto que quieras jugar a cosas de NDS.