La respuesta universal cuando alguien pregunta por emuladores individuales es Retroarch. A mi personalmente no me termina de gusta en PC o en Wii que es donde lo he probado, aunque es cierto que tiene la comodidad de tener los cores de un montón de sistemas a un click.
En Android los que yo he probado:
NES.emu practicamente perfecto. Sólo me dio error con un juego oficial Pipemania (USA) y no tengo claro si fue por el emulador o por la rom ya que no encontré otra distinta para probar. Luego me dio fallos con algunos juegos no licenciados, pero me funcionó bien con algunos homebrew. Tiene filtros de imagen, permite efecto CRT y Scanlines (sencillos sin buscar precisión, pero no consumen recursos) y me aceptó cheats de gameshark perfectamente.
MD.emu lo estoy usando actualmente para jugar Master System, aunque acepta MD y Mega CD (y creo que GG y M-CD también). La interfaz es casi igual a la de NES.emu aunque tiene más opciones debido a que es multisistema. Por ejemplo permite activar y desactivar la opción de soportar Sonido FM en los juegos de Mark III (se nota un montón el cambio, sin FM la Master System es muy pobre en este aspecto). En general me ha aceptado prácticamente todos los juegos que le he metido, pero a veces al cambiar de rom se queda en negro por lo que hay que salir del emulador y volver a lanzarlo. Por ahora los únicos juegos que no me funcionaron eran no licenciados y Coreanos (Jang Pung 3 sí funciona). No tiene soporte para los trucos de MS.
Atari2600.emu (pese al nombre creo que lee juegos hasta Atari 7800). Interfaz similar a la de los anteriores. No he probado trucos con ella. Pero me ha reconocido todos los juegos que probé en ella (unos 50 o así).
GBA.emu: Sólo lo usé para pasarme los dos Golden Sun. En ambos casos funcionó perfectamente, comparte interfaz con los anteriores.
Epsxe 2.0 funciona perfectamente, permite renderizar internamente hasta x4 y varios filtros gráficos. En este caso los trucos son más sencillos: El propio emulador reconoce el juego y te deja descargar desde internet un listado predefinido para que elijes cuales usar. También tiene un hack para forzar 16:9 con resultados diversos. Por ahora me ha leído todos los juegos que le he metido, incluido un prototipo que no llego a comercializarse.
Mupen 64 Plus FZ lo que he probado iba muy mal: o muy lento o faltaban texturas o directamente no cargaba. Dejé de probarlo porque las actualizaciones actuales requieren Android 5.0.0 en adelante y mi microconsola está en 4.2.2. Comentan que sigue yendo regular.
Reicast la última version oficial iba bastante mal. Salvo un par de juegos, la mayoría o no arrancaba o lo hacía con fallos gráficos graves. Sin embargo, la comunidad siguió sacando builds mejorando y no sé como está la cosa actualmente.
No los he llegado a probar, pero yo tengo instalados Neo.emu, PCE.emu, GBC.emu y Snes.emu. Lo que he leído es que el de Snes es el mejor de todos.